Home / World / Sports / PeakOnly — Deep learning Python code for finding your MS1 features!

PeakOnly — Deep learning Python code for finding your MS1 features!


There are a lot of ways to find compound peaks in your data, but some compounds/peptides (particularly modified ones) just have lousy elution profiles. Sometimes you just have to go in and look yourself. Isn't that what all this AI/Machine Learning/Deep learning baloney is supposed to be doing for us? Automating tasks that are a little bit harder?
Maybe this is gonna help!?!?

PeakOnly uses Deep Learning to classify peaks. It is meant for metabolomics and was optimized on 1-3 Hz MS1 data, but I'm still putting it here because there is a very short list of things that will make lists of your MS1 peaks and their abundances (quantifying the stuff you didn't identify) and I'll probably need this sooner rather than later.

You can get PeakOnly at this Github. It doesn't blow the traditional peak detection stuff away or anything, but it does identify some compounds here and there that XCMS misses. It makes for a solid proof of concept study with open (with MIT license?) code that deserves a look. I mean…I'm not having trouble with the high abundance ones with the perfectly gaussian distributions…I need help identifying the lousy ones….

About zekal3_3

Check Also

ترامب: إيران لم تنتصر أبدا في أي حرب لكنها لم تخسر في أي مفاوضات

نشر الرئيس الأمريكي دونالد ترامب مساء يوم الجمعة تغريدة، تحدث فيها عن الحرب والمفاوضات مع إيران.وأفاد في تغريدته بأن "إيران لم تنتصر أبدا في أي حرب.. لكنها لم تخسر في أي مفاوضات"وفي وقت سابق، شارك الرئيس الأمريكي على حسابه تحذيرا أمنيا نشرته السفارة الأمريكية في العراق، طالبت فيها مواطنيها بمغادرة البلد فورا، وذلك بعد الضربة الأمريكية في بغداد، التي قتل فيها سليماني، والقيادي أبو مهدي المهندس. وجاء في نص التحذير:"بسبب التوترات المتصاعدة في العراق والمنطقة، نحث المواطنين الأمريكيين على مغادرة العراق فورا، وبسبب هجمات الميليشيا المدعومة من إيران على مجمع السفارة الأمريكية، تم إيقاف جميع العمليات القنصليّة، ويجب على المواطنين الأمريكيين عدم الاقتراب من السفارة".وأعلن التلفزيون الرسمي العراقي ومتحدث باسم "الحشد الشعبي"، فجر يوم الجمعة 3 يناير، مقتل قائد "فيلق القدس" قاسم سليماني في قصف جوي أمريكي بالقرب من مطار بغداد استهدفه ومجموعة من قيادات "الحشد الشعبي" بينهم أبو مهدي المهندس، الرجل الثاني في الحشد.وأكد مسؤول أمريكي فجر الجمعة في تصريح لـ"رويترز" مقتل سليماني والمهندس، قائلا إن واشنطن ..