Home / World / Sports / PDV — An integrated proteomics data viewer!

PDV — An integrated proteomics data viewer!


Do you mess around with all sorts of different search engines?
Would it be awesome if someone spent a ton of time making sure that you could look at all your data in the same downstream interface?

Paper link here.

Are there other ways to visualize data from a bunch of different engines and tools? Sure. But PDV is probably the easiest and most widely compatible — and has some features that are ridiculously handy.

This little Java file does the perfect job of looking simple but pulling off crazy powerful.
You can get it at this Github where you'll see the ridiculous number of tools it supports. I can't take a screenshot that is big enough to capture them all. Basically if you can think of a search engine, PDV can upload the results and it all comes out looking like this!

Did you, for example, reprocess a bunch of MaxQuant files from PRIDE with MetaMorpheus and MSFragger to see if the original analysis missed anything? Have 4 little Java windows open at once and look at the evidence in the same format! How valuable is that? (Can't seem to clip the other monitor simultaneously — but here is two! MaxQuant on right, MM on left.) MaxQuant has SO MANY ROWS (columns? it's early here. whatever the vertical ones are) that it can be a little tough to visualize. And that ends my complaints about this great tool I somehow missed.

There is more here. The PROTEOGENOMICS button lets you upload a gosh darned proBED or proBAM file and look at it directly in this as well. Another button lets you look for individual peptides inside a file (just type the peptide sequence in the box!) and plot it if it sees it. I put in a bunch of fake peptide sequences and the visualization was a little odd. I haven't checked it with anything real. I've got a bunch of cooking to do.
Great tool. Solidly supported with tutorials AND example files. Recently updated. Unifies a lot of our tools, which we really need to do more of so we can keep them around. 100% recommended!

About zekal3_3

Check Also

ترامب: إيران لم تنتصر أبدا في أي حرب لكنها لم تخسر في أي مفاوضات

نشر الرئيس الأمريكي دونالد ترامب مساء يوم الجمعة تغريدة، تحدث فيها عن الحرب والمفاوضات مع إيران.وأفاد في تغريدته بأن "إيران لم تنتصر أبدا في أي حرب.. لكنها لم تخسر في أي مفاوضات"وفي وقت سابق، شارك الرئيس الأمريكي على حسابه تحذيرا أمنيا نشرته السفارة الأمريكية في العراق، طالبت فيها مواطنيها بمغادرة البلد فورا، وذلك بعد الضربة الأمريكية في بغداد، التي قتل فيها سليماني، والقيادي أبو مهدي المهندس. وجاء في نص التحذير:"بسبب التوترات المتصاعدة في العراق والمنطقة، نحث المواطنين الأمريكيين على مغادرة العراق فورا، وبسبب هجمات الميليشيا المدعومة من إيران على مجمع السفارة الأمريكية، تم إيقاف جميع العمليات القنصليّة، ويجب على المواطنين الأمريكيين عدم الاقتراب من السفارة".وأعلن التلفزيون الرسمي العراقي ومتحدث باسم "الحشد الشعبي"، فجر يوم الجمعة 3 يناير، مقتل قائد "فيلق القدس" قاسم سليماني في قصف جوي أمريكي بالقرب من مطار بغداد استهدفه ومجموعة من قيادات "الحشد الشعبي" بينهم أبو مهدي المهندس، الرجل الثاني في الحشد.وأكد مسؤول أمريكي فجر الجمعة في تصريح لـ"رويترز" مقتل سليماني والمهندس، قائلا إن واشنطن ..